一项最新发表于生物学预印本平台 bioRxiv 的研究显示，研究团队在冰人以及一具约4.5万年前出土于西西伯利亚的古人类遗骸中，发现了与致癌性HPV16相匹配的古代病毒DNA片段。那具更古老的标本被称为“乌斯季-伊希姆人”（Ust-Ishim），仅发现了一段股骨骨干，经放射性碳测年，其生存年代可追溯至距今4.5万年前，是已知最古老的现代人基因组之一。这项工作目前尚未通过同行评议，但一些外部专家认为，这一发现可能为人类与HPV相互缠绕的演化历史提供关键时间点。
人乳头瘤病毒家族庞大，已知有数百种型别，广泛寄居在人体内外，多数类型并不会造成明显危害，但约十余种与生殖道及咽喉癌症密切相关，约占全球癌症总数的5%。自2006年起，针对部分高危型HPV的疫苗在多国陆续推广，大幅降低了相关癌症的发病风险。不过，随着疫苗覆盖率提高，一些研究者开始担心：被疫苗针对的型别减少后，其他未被覆盖的HPV可能“填补空缺”，改变病毒群落结构。
芬兰的一项2023年队列研究显示，在对3000余名接种疫苗8年的青少年进行检测后，疫苗靶向的高危HPV型别几乎未再检测到，但其他型别的多样性有所上升。这项研究的负责人、芬兰奥卢大学计算遗传学家维莱·皮梅诺夫（Ville Pimenoff）认为，结果强调了系统理解HPV各型别谱系、以及它们长期演化历史的重要性。早在2017年，他与同事就曾基于分子进化分析追溯HPV16的历史，认为该病毒早在古人类阶段就已多样化，现代人可能在约6万年前通过与感染HPV的尼安德特人杂交而获得其中一个主导变异型。
此次新研究则从另一个角度填补了空白：在真正古老的人类化石中直接捕捉到HPV的遗迹。为此，来自巴西联邦圣保罗大学（UNIFESP）的分子生物学家马塞洛·布里奥内斯（Marcelo Briones）团队，下载并重新分析了公开数据库中来自冰人和乌斯季-伊希姆人的古DNA测序数据。在这些古人类DNA与环境污染混杂的片段中，他们筛选出了数以万计与HPV16基因组序列片段相匹配的短序列。
然而，古DNA往往高度降解，片段极短，再加上DNA序列仅由四种碱基字母（A、T、C、G）构成，理论上存在随机序列“碰巧”与HPV片段相似的可能性。为了排除这种统计噪音，研究团队还构建并分析了大量模拟序列，对比随机情况下产生类似匹配模式的概率。据论文第一作者、UNIFESP生物信息学研究生朱莉安娜·雅齐吉（Juliana Yazigi）介绍，他们的统计分析支持这些序列确为真实病毒残留的信号，因此“相当有信心认为这里确实存在病毒足迹，是目前最古老的HPV证据”。
进一步比对显示，这些古代病毒序列与此前演化分析中推断可能来自尼安德特人的HPV16谱系最为接近。然而，考虑到冰人与乌斯季-伊希姆人之间横跨约4万年、相距约5000公里，这一HPV16变异型显然在现代人群中长期流行。布里奥内斯据此提出，一个更合理的情景是：在人类演化史的某个阶段，反而是现代人将高度致癌的HPV16传染给了尼安德特人，而非传统观点所主张的“从尼安德特人处获得”。
这一假设也得到该团队此前一项工作间接支持：他们使用类似方法分析尼安德特人化石时，只在其基因组中发现了低危型HPV12的痕迹，并未检测到HPV16。美国亚利桑那大学病毒学家科恩拉德·范·多尔斯拉尔（Koenraad Van Doorslaer）认为，这项新发现通过将HPV16直接证据在现代人中的存在时间“向前推”，有可能挑战“HPV16源于尼安德特人与现代人杂交事件”的主流解释。不过他也提醒，目前工作尚属预印本阶段，仍需更多样本和独立研究验证。
对公众健康而言，这些发现并不会立刻带来更好的疫苗、治疗或治愈手段。范·多尔斯拉尔坦言，“这不太可能直接造就更好的疫苗或疗法，但科学不应只被实用目标驱动，有时只是为了弄清世界上那些本身就很‘酷’的问题”。对研究者来说，这项研究将HPV与人类的纠缠史进一步向远古延伸，提示这种在当代引发癌症的病毒，很可能自智人诞生之初就伴随着我们的祖先，一路走到今天。